Dans les dernières années de sa vie, saint François d'Assise rechercha avec une intensité plus grande la prière et l'union avec le Christ. En 1224, il se retira sur le mont Alverne, un lieu solitaire et isolé, pour se consacrer à la pénitence et à la contemplation. Durant cette période, il méditait particulièrement sur la passion et la souffrance de Jésus, désirant l'aimer et le suivre de plus en plus près. François reçut une vision extraordinaire d'un séraphin crucifié qui lui apparut enveloppé d'une grande lumière. 

Après cette expérience mystique, apparurent sur son corps les marques de la passion du Christ : des plaies aux mains, aux pieds et au côté, semblables aux blessures de Jésus sur la croix. Cet événement, connu comme la stigmatisation, fut considéré par ses frères comme un signe de la profonde identification de François avec le Christ. Il ne rechercha ni la célébrité ni la reconnaissance pour ce fait ; au contraire, il tenta de cacher ses blessures et continua à vivre avec humilité et simplicité.