En 1223, trois ans avant sa mort, François souhaitait que les gens comprennent de manière plus profonde l'humilité et la pauvreté dans lesquelles était né Jésus-Christ. C'est pourquoi, à l'approche de Noël, il demanda à son ami Jean de Greccio de préparer une grotte avec une crèche, de la paille et des animaux, afin de représenter simplement la naissance du Seigneur. François voulait que chacun puisse contempler de ses propres yeux les difficultés et la pauvreté dans lesquelles le Fils de Dieu était venu au monde. 

La nuit de Noël, de nombreux frères et habitants de la région se rendirent sur place, portant des torches et chantant des louanges. L'Eucharistie fut célébrée au-dessus de la crèche, et François, revêtu comme diacre, proclama l'Évangile de la naissance de Jésus. Il prêcha ensuite avec une grande émotion sur l'Enfant de Bethléem, en parlant de lui avec tant d'amour et de tendresse que les personnes présentes furent profondément émues. Selon Thomas de Celano, beaucoup ressentirent cette nuit-là une joie spirituelle extraordinaire et renouvelèrent leur foi. 

La célébration de Greccio est considérée comme l'origine de la tradition de la crèche de Noël. Cependant, pour François, il ne s'agissait pas simplement d'une représentation, mais d'une invitation à se rapprocher d'un Christ humble et pauvre. Par ce geste, il voulut rappeler que Dieu n'avait choisi ni la richesse ni le pouvoir, mais la simplicité d'une étable pour manifester son amour à toute l'humanité. Aujourd'hui, plus de huit siècles plus tard, le souvenir de la Noël de Greccio continue d'aider des millions de personnes à vivre le véritable sens de Noël.