En 1202, François participa à la bataille de Collestrada, un affrontement entre les villes d'Assise et de Pérouse. La défaite des Assisiates entraîna la capture de nombreux combattants, parmi lesquels François. 

Il resta prisonnier pendant près d'un an. Cette expérience de souffrance et de privation le poussa à réfléchir profondément sur sa vie. La prison fut l'un des premiers événements qui l'amenèrent à remettre en question ses anciennes aspirations de richesse et de gloire.