Après sa libération, François retourna à Assise très affaibli. Peu après, il fut atteint d'une grave maladie qui l'obligea à rester au repos pendant des mois. 

Cette période changea sa façon de voir le monde. Tandis qu'il recouvrait la santé, il commença à comprendre que le bonheur ne dépendait ni de la richesse ni de la reconnaissance sociale. Son cœur s'orienta de plus en plus vers Dieu et vers le service des autres.